I början av 1940-talet präglades fotbollen i hela landet, men kanske främst i glesbygden, av andra världskriget. Medlemsantalet i föreningen sjönk 1940 från 83 till 18 medlemmar, det lägsta i KIF:s historia. Huvuddelen av de tidigare medlemmarna gick, enligt verksamhetsberättelsen från 1940 över till skytteföreningar, vilka hade högkonjunktur. Transporterna försvårades genom restriktioner för bilar, bussar och motorbåtar, och det var därigenom mycket besvärligt att ta sig till bortamatcherna. Följden av kommunikationsproblemen blev att KIF tvingades dra sig ur vidare spel i division 3. Under hösten 1940 startade BFF en provisorisk så kallad "pokalserie" där KIF deltog med sitt representationslag. Serien vanns överlägset. 1941 startades sedan Södra Nordvästra Bohusgruppen (div 3) där KIF var med i stort sett hela 40-talet. Undantagen var 1943/44 och 1948/49 då man var nere i Bohusserien (div 4) och vände. 1944 fick man efter segern i Bohusserien kvalspela mot Skärhamns IK i två matcher som båda vanns.
1946 var det nära att representationslaget skulle fört föreningen högre upp i seriesystemet. För första gången blev det seger i division 3 vilket medförde kvalspel om en plats i division 2. Kvalet spelades mot IK Viken från Åmål och inleddes med 3-3 på bortaplan. Returmötet spelades inför cirka 1.700 betalande på Kungshamnsvallen och slutade med förlust 1-2. Detta innebar fortsatt division 3-spel. 1949 tog man sig till final i DM men förlorade mot Uddevalla IS med 1-2. När det gäller övriga lag i föreningen finns det väldigt knapphändiga uppgifter bevarade. B-laget spelade under kriget mest matcher mot Smögen och Hunnebo. 1943/44 hemförde man den så kallade Sotenässerien men flera av krigsåren var föreningen utan B-lag. Mitten och senare delen av 40-talet spelade B-laget i Skärgårdsserien och placerades sig oftast bland de tre främsta i denna. Juniorlagets främsta prestation under 40-talet får väl anses vara 1-1 matchen mot Gais juniorlag 1945. Pojkfotbollen omnämns för första gången 1943 då man spelade några hemma matcher mot Smögens IF. Runt mitten av 40-talet spelades årligen matcher mot Smögen och Hunnebo. 1949 föreslår Åke Broden på årsmötet i februari att en serie skall startas inom samhället för pojkfotboll. En pojklagskommitté med uppdrag att ordna detta valdes men det visade sig vara svårt att få ihop tillräckligt med ungdomar för en lokal serie. Däremot tränade pojkarna regelbundet två gånger per vecka och deltog i Sotenäs Pojklagsserie där man blev tvåa strax efter Hunnebo. 1946 återupptogs fotbollsutbytet med                 Skagens  BK igen efter många års uppehåll på grund av kriget. KIF vann både hemma och bortamötet men danskarna hade närmat sig betydligt i spelstyrka och matcherna var nu mycket jämnare än på 30-talet.